Государственное бюджетное общеобразовательное учреждение гимназия №41 имени Эриха Кестнера Приморского района (ГБОУ гимназия № 41 имени Эриха Кестнера Приморского района Санкт-Петербурга) было создано как Муниципальное образовательное учреждение среднего (полного) общего образования школа № 41 в 1987 году.
В 1988 году школа получила статус школы с углубленным изучением немецкого языка, в 1999 году - статус гимназии. С 2005 года введена программа изучения немецкого языка "Шпрах-диплом", успешное усвоение которой подтверждается дипломом. Сам диплом имеет неограниченный срок действия, подтверждает отличное знание немецкого языка (в том числе на территории Германии) и позволяет продолжить получение образования за границей. Гимназия ведет программу международных обменов учащихся с 2000 года и имеет тесные связи с немецкими образовательными учреждениями.
Постановлением Правительства Санкт-Петербурга от 10.10.2008 № 1261 Государственному общеобразовательному учреждению гимназии № 41 Приморского района Санкт-Петербурга присвоено имя Эриха Кестнера и установлено полное наименование учреждения: Государственное общеобразовательное учреждение гимназия № 41 имени Эриха Кестнера Приморского района Санкт‑Петербурга.
Распоряжением Комитета по образованию от 11.12.2008 № 1777-р Государственное общеобразовательное учреждение гимназия № 41 Приморского района Санкт-Петербурга переименовано в Государственное бюджетное общеобразовательное учреждение гимназию № 41 имени Эриха Кестнера Приморского района Санкт-Петербурга.
